監訳者プロフィール
石井 一夫 （いしい かずお）
東京農工大学特任教授
専門分野：数理モデリング，予測分析，計算機統計学，データマイニング，バイオインフォマティクス，ビッグデータ＆クラウドコンピューティング，ゲノム科学
著書：「R による計算機統計学」（翻訳，オーム社，2011），「翻訳バイオエレクトロニクス」（翻訳，エヌ・ティー・エス，2008），「統計解析環境R によるバイオインフォマティクスデータ解析」（共立出版，2007），「ソフトウェアエンジニアリング論文集80's?デマルコセレクション」（翻訳，翔泳社，2006），「図解よくわかるデータマイニング」（日刊工業新聞社，2004）ほか
富田 因則 （とみた もとのり）
静岡大学グリーン科学技術研究所教授（グリーンバイオ研究部門育種生物工学グループ，および研究支援室ゲノム機能解析部を担当），その他，静岡大学創造科学技術大学院統合バイオサイエンス部門/ 大学院総合科学技術研究科生物情報科学副専攻等を兼任
専門分野：ゲノム機能解析，ゲノム育種工学，次世代シーケンス解析に基づく大粒・短稈・バイオマス遺伝子を統合したスーパーコシヒカリの開発，トランスポゾン
著書：「新バイオの扉－未来を拓く生物工学の世界－」（裳華房，2013），“New Developments in Chromatin Research”（Nova Science Publishers Inc., 2012），「クロモソーム植物染色体研究の方法」（養賢堂，2006），“Advances in Rice Genetics”（International Rice Research Institute，2003），「植物育種学各論―作物の特性と育種―」（文永堂出版，2003），“Food Security and Environment Protection in the New Millennium”（ACSA/SABRAO/FCSSP，2001）ほか分担執筆
丹生谷 博 （にゅうのや ひろし）
東京農工大学遺伝子実験施設教授
専門分野：遺伝子工学，ウイルス学
著書：「遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発」（分担執筆，技術情報協会，2014），「新バイオの扉」（分担執筆，裳華房，2013），「バイオ実験誰もがつまずく失敗＆ナットク解決法」（分担執筆，羊土社，2008），「廣川タンパク質化学第4 巻酵素4.5 イソメラーゼ・リガーゼ」（分担執筆，廣川書店，2003），「バイオの扉」（分担執筆，裳華房，2000），「分子細胞生物学辞典」（分担執筆，東京化学同人，1997）
大藤 道衛 （おおとう みちえい）
東京テクニカルカレッジ・バイオテクノロジー科講師，東京農工大学農学府非常勤講師，公立前橋工科大学工学部非常勤講師，工学院大学工学部非常勤講師，放送大学非常勤講師
専門分野：遺伝子解析技術，分子腫瘍医学，遺伝子リテラシー教育
著書：「電気泳動なるほどQ＆A 改訂版」（編/ 著，羊土社，2012），「バイオ実験超基本Q＆A 改訂版」（羊土社，2010），「バイオ研究のためのラボワーク入門」（講談社，2010），「バイオ実験誰もがつまずく失敗＆ナットク解決法」（編/ 著, 羊土社，2008），「最適な実験を行うためのバイオ実験の原理」（羊土社，2006），「電気泳動なるほどQ ＆ A」（編/ 著，羊土社，2005），「微生物実験マニュアル（第2版）?培養から遺伝子操作まで?」（分担執筆，技法堂出版，2003），「これからのバイオインフォマティクスのためのバイオ実 験入門」（編/ 著，羊土社，2002），「バイオ実験トラブル解決超基本Q ＆ A」（羊土社，2002），「バイオ実験超基本Q＆A」（羊土社，2001），“Clinical Applications of Capillary Electrophoresis”（分担執筆，Humana Press Inc.，1999），「臨床DNA 診断法」（分担執筆，金原出版，1995）
目次
1章 構造変異の同定
Identification of Structural Variation
Suzanne S. Sindi and Benjamin J. Raphael
2章 RNAの単離，特性解析およびシーケンシング（RNA-Seq）の方法
Methods for RNA Isolation, Characterization, and Sequencing(RNA-Seq)
Paul Zumbo and Christopher E. Mason
3章 RNAシーケンシングデータからのトランスクリプトームの再構成と定量
Transcriptome Reconstruction and Quantification from RNA Sequencing Data
Sahar Al Seesi, Serghei Mangul, Adrian Caciula, Alex Zelikovsky and Ion Ma. ndoiu
4章 次世代シーケンシングデータからの干渉性低分子RNAの同定
Identification of Small Interfering RNA from Next-generation Sequencing Data
Thomas J. Hardcastle
5章 ChIP-Seqデータにおけるモチーフ発見とモチーフ検出
Motif Discovery and Motif Finding in ChIP-Seq Data
Ivan V. Kulakovskiy and Vsevolod J. Makeev
6章 哺乳類エンハンサーの予測
Mammalian Enhancer Prediction
Dongwon Lee and Michael A. Beer
7章 ヌクレオソームポジショニングのためのDNAパターン
DNA Patterns for Nucleosome Positioning
Ilya Ioshikhes
8章 がんにおける高メチル化
Hypermethylation in Cancer
Marta Sánchez-Carbayo
9章 ゲノム配列における転移因子群の同定と解析
Identification and Analysis of Transposable Elements in Genomic Sequences
Laurent Modolo and Emmanuelle Lerat
10章 メタゲノミクス解析の現状
The Current State of Metagenomic Analysis
Pieter De Maayer, Angel Valverde and Don A. Cowan
11章 メタトランスクリプトミクス
Metatranscriptomics
Atsushi Ogura
12章 ショットガンおよびアンプリコンの次世代シーケンシングリードからの
ウイルス疑似種のスペクトルの推定
Inferring Viral Quasispecies Spectra from Shotgun and Amplicon
Next-generation Sequencing Reads
Irina Astrovskaya, Nicholas Mancuso, Bassam Tork, Serghei Mangul,
Alex Artyomenko, Pavel Skums, Lilia Ganova-Raeva, Ion M?ndoiu and Alex Zelikovsky
13章 細菌ゲノムにおけるDNA不安定性:原因と結果
DNA Instability in Bacterial Genomes: Causes and Consequences
Pedro H. Oliveira, Duarte M. F. Prazeres and Gabriel A. Monteiro
14章 RNA構造を予測するための比較方法
Comparative Methods For RNA Structure Prediction
Eckart Bindewald and Bruce A. Shapiro
15章 文脈自由文法とRNA二次構造予測
Context-free Grammars and RNA Secondary Structure Prediction
Markus E. Nebel and Anika Schulz
16章 確率文脈自由文法とRNA二次構造予測
Stochastic Context-free Grammars and RNA Secondary Structure Prediction
James W. J. Anderson
